थर्मल इमेजिंग कैमरे अक्सर पानी के नीचे अच्छी तरह से काम नहीं करते। क्योंकि पानी कई इन्फ्रारेड तरंग दैर्ध्य को अवरुद्ध करता है, जैसे एक अपारदर्शी बाधा दृश्य तरंग दैर्ध्य को अवरुद्ध करती है।जैसे हम पेंट के माध्यम से नहीं देख सकते, एक इन्फ्रारेड सेंसर गहरे पानी के माध्यम से "देख" नहीं सकता क्योंकि यह पता लगाता है तरंगों पानी के माध्यम से पारित नहीं कर सकते।
थर्मल इमेजिंग कैमरों के लिए पानी एक और चुनौतीपूर्ण मुद्दा प्रस्तुत करता है, जिसका संबंध थर्मल चालकता और विशिष्ट गर्मी से है।तो यह एक ही मात्रा के तापमान को 1 डिग्री तक बढ़ाने या कम करने के लिए चार गुना अधिक ऊर्जा लेता है.
इसका अर्थ यह है कि एक वस्तु अपनी ताप ऊर्जा को जल की तुलना में अधिक तेजी से और कम दूरी पर खो देती है। इसलिए पानी में वस्तुओं को हवा में वस्तुओं की तुलना में थर्मल रूप से चित्रित करना अधिक कठिन होता है।